Музей истории вуза начинался с Комнаты боевой славы, на базе которой был открыт Музей боевой и трудовой славы медицинского института. С 1 сентября 2009 года он стал возрождаться как Музей истории академии.
В настоящее время в фондах содержится около 6 тысяч единиц хранения. Сформирован обширный электронный архив – около 18 тысяч ед. (документы, фото, фильмы).